使司，司府设在昆明。明代还把中庆路改为云南府，府治设在昆明城里，又称云南府城。
    为稳定在云南的统治，明朝廷实行了云南历史上规模最大的移民。最早的移民是明朝征滇的三十万大军，后来这些军人大多留在云南，参加屯垦。云南平定之后，沐英又回朝带回了两百五十万移民，后来沐英的儿子沐春又移来三十万万南京人，加上当时征调来屯戍云南的军民，沐春移民不下五十万，才算是中合了这里的人口比例，云南也渐渐汉化。
    但在洪武二十一年，陇川土司叛乱，西平侯沐英率军讨伐。其时叛军三十万，驱赶战象百头来战。沐英和将领商议，叛军士气所在，乃中原未见之战象，战象所没有见过的，是中原的火统火器。于是下令在开战的时候神机营的火统火箭一定要作到如满天星斗，络绎不绝地撒向大象。又下令军中，明天作战，有进无退，凡退者全队处决。次日，陇川军蔽野而来，大象被明神机营猛烈攻击，果然奔溃，然而土司军犹然严整不乱。沐英在高处，看见有土司大将某，拼死作战，而土司军以其为气，即命亲兵断此人头来见。土司大将既被袭杀，叛军大溃。沐英于是进围其都而灭之。于是百夷震服。明朝因为云南地区太过复杂，于是世封沐家镇云南，终于建立了对云云南
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