从来没有人敢在他面前那怕是提到其中的一丁点！皇帝的情绪显得很矛盾，他有时把海瑞比做古代的忠臣比干，有时又痛骂他为“那个咒骂我的畜物”。有时他责打宫女，宫女就会在背后偷偷地说：“他自己给海瑞骂了，就找咱们出气！”
    （嘉靖四十五年）秋季，明世宗生病，心情郁闷不高兴，召来阁臣徐阶议论禅让帝位给皇太子的事，世宗说：“海瑞所说的都对。朕已经病了很长时间，怎能临朝听政。”又说：“朕确实不自谨，导致身体多病。如果朕能够在偏殿议政，岂能遭受这个人的责备辱骂呢？”遂逮捕海瑞关进诏狱，追究主使的人。狱词送上后，仍然留在宫中不发布。户部有个司务叫何以尚的，揣摩皇帝没有杀死海瑞的心意，上书陈请将海瑞释放。明世宗大怒，命锦衣卫杖责何以尚一百大棒，关进诏狱，昼夜用刑审问，足见皇帝并不是那么昏庸。
    大难不死的海瑞，在明世宗死后，被任命为南直隶巡抚，驻扎苏州。且不说这里是全国最富庶的地区，即使是一般地区，任命这样一位不由进士出身的人担任巡抚，也已属于罕见。但是这一地区历来号为难治，以海瑞的性格而就任斯职，有识见的人早就料到必然引起不良的后果。事实不出所料，8个月之后，他遇到劾参而被迫退休。
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