这一天，美国中情局(CIA)截获了两封发往克里姆林宫的神秘邮件，它们牵出了一艘诡异的潜艇。为了调查潜艇的来龙去脉，美国国防部部长亲自启动了神秘的水母计划。在德克萨斯州的海军基地，兰登设计捕获了这艘潜艇。正当人们欢呼雀跃时，却发现他们中了计，兰登、霍姆斯与杰克森被挟持。在这艘潜艇里，他们结识了新的朋友，也发现了惊天的秘密。