清军，土家族人民随之投入夔东十三家抗清斗争的行列。
    清顺治二年，十三家攻陷九溪卫，占据慈利县城。顺治三年，李来亨等自归州、兴山攻巴东县砦洞时，酉阳司武生白士眉联合忠路、沙溪各司土兵，攻陷彭水县城，与农民军相互配合。顺治四年，农民军攻陷施州卫，后又相继攻下建始、巴东、鹤峰、利川等县城。酉阳、忠路、唐崖、大旺等司土兵与农民军彼此呼应再度攻打彭水。上自川东，下至彝陵，都为农民军占领。
    但有拥明的，便有附清的。比如永顺、保靖的土司彭朝柱便派遣舍把持册，前往辰州清军行营，向清朝统治表示归顺。并于顺治四年，击退明桂王部将王进才、马进忠所部，迫使王、马转移。
    顺治十一年九月，李来亨部又进攻保靖，在酉水对岸扎营两个多月，保靖土司彭朝柱之子彭鼎纠集土兵万余人进行抵抗，农民军死伤数千人。顺治十四年初，刘体纯派王光兴部将刘宏昌等带领精锐士兵二千多人，其中“建始人多从之”，从巴东以北横渡长江，昼伏夜行，不到四天到达容美，将抗拒十三家的土司田甘霖全家擒获，后以金银数万作为赎金，田甘霖一家始被释放。
    后来，督师文安之几经周折，含辛茹苦潜行群山到达鄂西，深入抗清农民军
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