由女真人的部落首领担任，而且是父子世袭，不过却需要大明的册封，平时有什么活动也都要向大明报备，每年的三卫指挥使也都要进京朝贡，至于三卫的内部事务则由他们自己处理，平时大明并不怎么关注，所以这三卫其实就相当于大明的属国。有着相当大的自由。
    不过也正是大明对建州三卫如此粗放的管理，使得建州卫虽然名义上大明的统属军队，但其实根本就是国中之国。表面上听从大明的调遣，可是只要命令没给他们下死。那么建州卫就会从中找出空子，反正大明也不能拿他们怎么样。
    比如这次朝廷命建州卫攻打野人女真的部落，以此来逼迫攻入朝鲜的野人女真退兵，不过建州卫接到命令后，却是磨磨蹭蹭的不肯出兵，而是向朝廷诉苦说自己部落去年遭了灾，实在没有粮食供应大军征战。所以想请朝廷支援一部分军粮。
    若是大明的军队，出征之时自然会有军粮，但建州三卫本来就不属于大明的正式军事编制，随军出征时都是自带粮草。要是现在他们却要朝廷提供粮草，这本身就是不合理的，朝廷自然也不会同意，于是两方就开始互相扯皮，一连拖了半个月也没有出兵。
    大明和建州女真都不着急。毕竟野人女真杀的又不是自己的人，可是朝鲜却受不
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