科给事中姚宗文、工科给事中刘文炳四道奏疏弹劾吴道南，抨击吴道南主持会试时独断专行把本应黜落的考卷执意拨置榜单高中，又阅卷昏庸，所取的会元有作弊之嫌，致使考生大哗——姚宗文还有专门奏疏弹劾詹士府左春坊左赞善徐光启，说徐光启与考生张原暗通关节，把一份犯先帝庙讳的考卷强行荐上去，究竟原因是张原与徐光启都是焦竑的弟子。
    万历皇帝继续观望——到了三月初一，礼部尚书刘楚先、礼部右侍郎何宗彦、礼科给事中姚永济、户部巡漕御史朱阶奏请皇帝命礼部会同科道对丙辰科会元沈同和、第七名赵鸣阳还有一百一十五名因贡院失火烧毁了墨卷的考生进行复试，以平息考生的怨气——万历皇帝看看火候已到，先批复准许复试，只考一场，作五篇八股文即可，四书题三篇、本经题两篇，今科第六名考生张原因争议极大，同样也要参加复试，若制艺粗疏，也将黜落。
    批复送到内阁，首辅方从哲松了一口气，皇帝没有立即要求严查科举案是有大智慧的，很多事越追究越混乱，糊涂着过、息事宁人反而是上策，当然，这只是方从哲的想法，吴道南很不以为然，吴道南觉得让张原参加复试不公平，这等于是不去追查陷害作弊者的罪过，却刁难受害者，可这是皇帝的旨意，只有
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