陕甘两省，地方上遭到压制的士绅、h教还有之前被迫捏着鼻子向太平天国称臣的满清残余力量都开始蠢蠢欲动起来。甘陕两省一时间有了山雨欲来风满楼的气氛，一场变乱似乎又在酝酿之中了。
    而在中原方面，成功驱逐了太平天国势力的朱济世所接手的则是一片百废待兴的地盘。中原的连番大战已经让整个地区变得疲敝不堪。更何况太平天国的无效统治让中原大部分地区都长久处于无政府状态之中。各种各样的地方势力沉渣泛起。想要在短期内建立起有效统治绝对不是件容易的事情。
    北征的几十万大军只能分头镇抚地方。这次收复中原四省不比上回收两江三省的时候，原来满清的地方政权基本不复存在，太平天国的地方政权又基本无效，而且还大部分跟随洪秀全撤往陕甘。因而朱明朝廷根本没有原来的行政体系可以利用，只好对中原四省实行短暂的军管。
    军管中原的敕令在3月初正式下达，苗沛霖转任河南巡抚兼提督，以苗家军接管河南民政，同时撤销淮北行省。恢复清末苏鲁豫皖四省边界。任怡江兼任山西巡抚，以陆军第六军军管山西。黄植生兼任直隶巡抚，以陆军第三军接管直隶民政。林汝舟任山东巡抚，以林系练军军管山东。同时设置北京留守一职，以岷侯朱原
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