第二阶段，林克会进入神兽内部，完成一个复杂的解谜关卡。神兽的关卡从规模来说远超神祠，难度也直线升。每个神兽的关卡都是精心设计的，而且非常符合神兽本身的特色。如水之神兽是一只大象，在获得神兽的部分控制权以后，林克可以操纵大象的鼻子由低到高地变化，从而爬大象头顶，或者是用鼻子里喷出来的水冲开机关，打开一些之前去不到的区域。
    而且，这些神兽内部都是完全立体的关卡，不仅仅是分层那么简单，不同的部位会互相影响，玩家必须有很好的立体思维才能解开谜题。为了适应这种关卡设计，《塞尔达传说》还专门用了3d透视图作为迷宫地图。
    四神兽分别是东南方湿地的大象、东北方火山的蜥蜴、西南方沙漠的骆驼、西北方群山的老鹰。每一种神兽都对应着独特的区域和独特的村落，风土人情、支线任务各不相同。如湿地的种族是人鱼，而群山的种族是鸟人，沙漠是女人村落，林克还必须得变成女装大佬才能进入。
    第三阶段，林克会和加农的分身进行boss战，每个分身的能力、难度和打法都有区别，在击败加农分身之后，可以正式收复神兽，获得特殊的英杰祈福效果和专属的英杰武器。
    甚至这些更难的，还
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