蒙古人建立了元朝，其行政结构与唐、宋都有很大不同，在地方行政设置上，虽然“行省”相当于后世的“省”、“自治区”，“州”相当于“地级市”，但在这两者间硬生生插入了一个所谓“宣慰司”来管理“军政”。
    元朝一共设立了60个“宣慰司”，有点类似后世的“军区”。每个“宣慰司”下辖几个州，主要起到联结、沟通上下两级行政单位的作用，有点像“传声筒”，本身并不具备完整的行政职能，到清朝时被归为“土司”。
    明朝取代元朝后，地方行政设置又一次发生大变更，“行省”变成“布政司”、“州”变成“府”，内地的“宣慰司”全撤销并换成“督指挥使司”，但只在西南边陲仍予以适当保留。朱元璋和朱棣都设立过多个“宣慰司”。
    其实，“宣慰司”并不是一个固定称谓，因为明朝史书也有“宣抚司”、“安抚司”、“招讨司”等名称，它们的实际职能基本相同。从“宣慰”两字可以看出，“宣慰司”的职责，是代表皇帝及朝廷传达政令、抚慰百姓。
    “宣慰司”的行政长官叫“宣慰使”或“宣抚使”，由当地土司担任并世袭，而朝廷一般不驻军、不收税，也不干涉其内部事务。可见，“宣慰司”是明朝对边疆少数民族的“羁縻机构
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