“奴儿干都司”的真正作用是招抚当地部落，这其实是明朝招抚东北众多部落的“总基地”。但如果招抚任务一旦停止，后果就会很严重。例如宣德四年(西元1429年)十二月，明朝“召内官亦失哈等还。”到了宣德五年(西元1430年)十一月， “罢松花江造船之役。”到宣德十年(西元1435)正月，“奴儿干”巡视工作彻底停止。
    明成祖朱棣时期，明朝国力损耗过度，所以随后的“洪熙”(仅在位一年)和“宣德”(在位十年)两位皇帝都采取“修养生息”的国策以恢复国力，对外采取收缩战略，包括停止“下西洋”，对蒙古采取守势，放弃交趾，放弃东北探险等。既然职能没有了，那“奴儿干都司”的组织结构就会不复存在，其招抚职能随即消失了。
    从明朝中期开始，“奴儿干都司”基本上就已经名存实亡，以致于有人认为“奴儿干都司被废除”也是指这个事情。其实，这并不准确，因为“奴儿干都司”的“名”还在，只不过朝廷财政日益紧张，已经照顾不过来。
    宣德之后，“奴儿干都司”的官员还时见史书记载，也就是明朝名义上还是保留了这个机构，但也只剩名义上而已，因为明代“军职世袭制度”和“奴儿干都司”三个主要负责人的“鞑
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