瓦剌不得不转向漠西发展。而明嘉靖朝前期，喀尔喀万户吞并了兀良哈万户，控制漠北后便进攻瓦剌。“达延汗”右翼的三万户蒙古人以俺答汗为首，经“哈密卫”打击瓦剌，但双方仍时常有会盟。待俺答汗去世后，喀尔喀三部与瓦剌仇杀不断。
    西元16世纪50年代，第三次“卫拉特联盟”形成，包括和硕特、辉特、绰罗斯、杜尔伯特、土尔扈特、巴图特及巴尔忽等部，因为和硕特部为“黄金家族”，所以该部领导博贝密尔咱父子相继领导卫拉特部。
    自西元16世纪70年代末到80年代中期，喀尔喀三部一度统治过瓦剌。虽然随后不久，瓦拉就独立了，但喀尔喀首领仍对瓦剌拥有宗主权。此时，瓦剌部由于僻处一隅，逐渐分裂成准噶尔、杜尔伯特、土尔扈特、和硕特四部。在西元1620年——西元1640年，准噶尔部开始取代和硕特部，成为卫拉特四部的盟主。
    此时，由于受到喀尔喀部压力，卫拉特部不得不进一步西迁到了达南西伯利亚。当时，土尔扈特部游牧至额尔齐斯河中游及伊希姆河之间游牧；杜尔伯特游牧于额尔齐斯河上游左岸至亚梅什湖一带；和硕特部游牧于额尔齐斯河上游右岸。至于绰罗斯的哈喇忽喇及辉特部落，则游牧于鄂毕河上游右岸一带。
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