在领导，他即位后为了加强权威，在巴林部修建了“察罕浩特城”，作为蒙古政治、经济、文化等方面的中心。
    他任命永谢布部却热斯塔布囊管理右翼三万户，任命内喀尔喀部锡尔呼纳克洪台吉管理左翼三万户，察哈尔八鄂托克虽属左翼三万户，但直属林丹汗。他执政前期，尚有大汗权威，利用“藏传佛教”扩大影响。起初，他还尊奉“黄教”，但后来为“红教喇嘛”折服并改信红教，却导致信奉黄教的蒙古各部对其疏远。
    西元1608年，努尔哈赤长子褚英进犯乌拉，而乌拉部向科尔沁部求援。经林丹汗同意，科尔沁部援军及时抵达，并击退了褚英。其后，科尔沁部几次奉林丹汗命令和“后金军”交战，还曾经深入“后金”地盘并掳掠了大批牛羊。在努尔哈赤攻略辽东的时候，林丹汗曾与“后金”发生了多次战争，却反被后金军所击败。
    西元1619年，林丹汗致信努尔哈赤，自称“四十万蒙古之主”，并称努尔哈赤为“水滨三万人之主”。起初，科尔沁、喀喇沁、内喀尔喀五部等靠近后金的部落都对林丹汗提出警告，认为后金统一战争会影响蒙古，希望林丹汗采取必要措施防范努尔哈赤，但林丹汗却拒绝发兵去干涉“后金”吞并其他的女真部落。
    但是
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