莱明军大败，连自己都被俘虏了。对此，《明史?张可大传》中就有如下记载：
    “未行而孔有德反吴桥，东陷六城。可大急往剿，元化檄止之，不听......有德暮薄城。可大请击之，元化持抚议，不许。可大陈利害甚切，元化期明岁元日发兵合击。至期，元化兵不发......焘（张焘，据说也是一名火器专家）兵半降有德，遣归为内应。元化开门纳之，可大谏，不听。夜半贼至，城遂陷。”
    孙元化此前因羞愧而自杀未遂，但被俘虏后因之前曾收留孔有德等人算对其有恩，故孔有德并没有杀他，甚至还差点被孙元化说服，准备接受朝廷招抚。但是，孙元化的计划最终被巡按王道纯破坏，始终没能成功。王道纯也算是医学家，竟自己没有著作，但校检及整理过许多前人的医学著作，更懂官场厚黑。
    孔有德之乱被平定后，孙元化却要承担责任，于是被崇祯皇帝下令斩首。他恐怕到死都没想到自己收留的孔有德不仅带着自己部队跑去投降清朝，而且还带走自己积攒的火炮、炮手和铸造火炮的外国专家。
    在明朝末年的崇祯朝，孙元化的名气要比武之望大得多，因为他是研发火器的专家，在战乱年代要比搞医学的更为人熟知，而且“孔有德之乱”也比“固原
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