侄子为父亲。崇德天皇5岁登基，23岁时父兄将其废黜，另立新君（既近卫天皇）。鸟羽上皇去世，崇德上皇与后白河天皇之间为争夺政权发生冲突，二人各自与藤原氏、源氏、平氏等诸家族势力集团结成同盟并爆发战争，史称“保元之乱”。同年7月11日凌晨后白河天皇突袭白川殿，崇德上皇战败被俘。藤原赖长在逃亡奈亮途中箭伤发作而死，死后被掘坟抛棺。崇德的追随者被全部斩首，这是日和国350年间首次恢复死刑。
    崇德被流放到讃岐（今香川县），历时三年血书五部大乘佛经，希望借此赎罪，并恳求朝廷将佛经送往京都纳于寺中，可这个要求也遭到拒绝，天皇还说他“活着已没有意义”。崇德终于在被流放八年之后精神彻底崩溃，从此不理发不剪指甲，“变成天狗的模样”。崇德在自己血书的经文上写道：我抄写佛经是为了积累善业而赎罪，既然不被宽恕，就让那些业力投入三恶道，助我成为日和国的大魔缘，“为君戮民，为民弑君”。写罢将经文沉入海底，咬舌自尽，享年四十六岁。
    崇德死后日和国灾祸不断，朝野上下无宁日，朝廷畏于其愿力而修庙宇供奉，甚至在永万元年将崇德上皇灵位与大物主神合祀，但这似乎并未平息崇德的怨气，于是一场朝廷的灭顶之灾-
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