行政执行权，只是一个议政机构，而且万历当政后内阁权力更见萎缩，前首辅叶向首就曾说“设立阁臣，不过文学侍从，其重亦止于票拟，委任权力与前代之宰相绝不相同，以无权之官而欲作有权之事，以有权之事而必责于无权之官，此从来阁臣之所以无完名也。”所以说在内阁权力衰落之际，首辅与次辅的职权差别不大，一切事务还都要皇帝来定夺——万历皇帝没有应沈榷之请而宣布禁绝天主教，也没有应徐光启之请援引西洋历法修改大统历，这是万历皇帝一贯对付外臣纷争的办法，沈榷如愿驱逐了王丰肃等人，但并没有能禁绝天主教，徐光启如愿开设译局，但引进西洋历法修改大统历的目的却没有达到，大辩论声势不小，前后历经数月，绕了一个大圈，回到了原点，似乎什么也没有改变，这就是万历朝的政局。
    沈榷对这一结果是不满意的，他本想借禁绝天主教赢得朝野保守势力对他的赞许，但皇帝没有颁发禁教令，只驱逐了两个耶稣会士，天主教在大明照常传播，这实在是沈榷的失败，而且京师士庶都知道他在辩论中败给了张原，有损他的声誉，且喜方从哲欣赏他，暗示明年京察后让他升任燕京礼部侍郎，燕京礼部侍郎可不是南京礼部侍郎能比的，这让沈榷感到欣慰，他打压天主教的目的也正是为
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